Можно ли в программе оформить продажу товаров по нулевой цене?

Да можно, для этого достаточно в настройках дополнительных прав пользователя установить флаг «Разрешить нулевые цены в оптовой торговле» («Разрешить нулевые цены в розничной торговле»).

Эту информацию можно проконтролировать в отчете по продажам.

Имеется ввиду, что продажи с нулевыми суммами также отображаются в отчете по продажам. Их можно отобрать, например, по параметру Стоимость(оборот)=0. Тогда можно увидеть список тех товаров, которые отдали бесплатно. В отчете «Валовая прибыль по поставщикам» можно увидеть, какой была себестоимость при отгрузке таких товаров.