При формировании документа "Реализация товаров и услуг" на основании Заказа покупателей, в документ Реализации не переносится номенклатура из Заказа, если нет свободного остатка на складе. Почему и что делать, если есть такая необходимость?

Это стандартная логика заполнения документа: в общем случае не имеет смысла подбирать в документ позиции, которые нельзя отгрузить.

Если необходимо просто скопировать позиции Заказа в документ Реализации, то можно воспользоваться сервисом группового изменения строк табличной части (кнопка «Изменить» над табличной частью в документе Реализации, действие — «Добавить из документа»).

Если стандартные возможности не устраивают, можно разработать специализированную внешнюю обработку заполнения табличной части.